La demande de CMU complémentaire doit être effectuée auprès d'une caisse d'assurance maladie de base. Il peut donc s'agir notamment de la caisse du RSI (régime social des indépendants).
Le dossier de CMU complémentaire peut ensuite être géré par la caisse d'assurance maladie de base ou par un organisme complémentaire (mutuelle, société d'assurances, institution de prévoyance). Pour qu'un organisme complémentaire assure au titre de la CMU complémentaire, il doit être inscrit sur la liste nationale qui figure sur le site www.cmu.fr. Lorsqu'il est inscrit sur cette liste, un organisme complémentaire ne peut refuser d'assurer pour la CMU complémentaire.